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1.医药工业应用：含有木瓜蛋白酶的药物，能起到、、淋巴性、原菌和寄生虫 、结核杆菌等，可、利胆、止痛、助消化。治疗妇科病、青光眼、骨质增生、刀伤口愈合、血型鉴别、昆虫叮咬等。
2.食品工业应用：可利用酶促反应，使食品大分子的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸。用于水解动植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、饼干松化剂、面条稳定剂、啤酒饮料澄清剂、口服液、、酱油酿造及酒类发酵剂等。有效转化蛋白质的利用，大大提高食品营养价值，降低成本。有利于人体的消化和吸收。
3.化妆品应用：将木瓜蛋白酶加入到含有蛋白质和油脂的化妆品中，具有的美白嫩肤、美颜保健、祛斑除污垢、促进血液循环、改善肌肤等，提高产品档次。可制成茶、护肤品等。
4.日化品工业应用： 用于香皂、肥皂、洗涤剂、洗衣粉、洗手液等，去污力强，除菌消毒、安全放心。
5.饲料工业应用： 用于饲料添加剂，开发蛋白源，利于吸收，提高饲料的利用率，节约成本，有助于牲畜消化，加速生长。如在猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、鱼、虾等饲料中添加。还可以作为蔬菜水果复合肥料的添加剂。
6.皮革工业应用： 利用木瓜蛋白酶制成脱毛剂，鞣制皮革，具有毛孔细腻，皮纹光亮效果。 纺织工业应用：可用于处理羊毛、蚕蛹脱胶、蚕丝精炼，能达到手感柔软、舒适、抗收缩、抗张强度等效果。